В зоомузее представлена фауна всез континентов и океанов мира. На особое внимание заслуживают коллекции хищных птиц и сов (170 экземпляров), которые собрал в нач. ХХ ст. ужгородский орнитолог-натуралист А. Грабар. Они являются одними из наилучших в Центральной Европе.
Заметное место в экспозиции занимают коллекции тропических жуков и охотничьи трофеи (рога) копытных животных, которые собрал другой ужгородец — Лаудон.Каждый год сотрудники зоомузея организуют палаточные орнитологические лагеря в разных уголках Закарпатья. Поддерживают рабочие контакты с Институтом зоологии им. И. Шмальгаузена НАН Украины (Киев), Природоведческим зоомузеем НАНУ (Львов), Ужанским Национальным природным парком, а также с учеными с других стран Европы. Сегодня музей играет роль Научного центра области.