Матеріали фонду та експозиція музею розміщені у 28 колишніх камерах слідчого ізолятора. Вони передають історію національно-визвольної боротьби на теренах Тернопільщини.
Відділ "Репресії 1939-1941 років" розташований у приміщенні камери №1, де збереглися автентичні двері тих часів. Цікавими є матеріали, які висвітлюють період утворення та діяльності ОУН-УПА на території Тернопільщини, та відділ "Шістдесятники", який розповідає про репресованих патріотів України, зокрема В. Чорновола та Л. Костенко.
Не може не вражати в експозиції музею макет концтаборів, одяг та предмети побуту політв'язнів та меморіальна кімната С. Бандери з посмертною маскою героя України. А приміщення карцерів та камера смертників справляють шокуючі враження.
Предметом особливої гордості музею є розріз в натуральну величину великої криївки та колекція макетів повстанських криївок з інтер'єром, в тому числі і макет криївки Р. Шухевича в с. Августовка Козівського району Тернопільщини. Усі дев'ять макетів зробив і подарував музеєві тернополянин Іларіон Пилипець.
Окремий відділ музею присвячений репресованим духовним служителям греко-католицької церкви зі стендом, який розповідає про шлях Й. Сліпого.