Вперше в історичних документах монастир згадується у 1464 р., коли власник Підкаменя Петро Цебровський запросив домініканців в це селище, щоб вони розвивали тут духовне життя. Монастир XV ст. до нашого часу не зберігся, зокрема й через навалу турків-османів у 1519 році, під час якої селище та монастир були знищені. Відтоді і до початку XVII cт. татари кілька разів спустошували обитель.
Домініканці щоразу покидали Підкамінь, а потім знову поверталися. В 1612 р. вони розпочали будівництво храму та монастиря. Того ж року ченці принесли із собою образ Божої Матері із Дитям. Храм будували довго — з 1612 до 1695 р. Причиною такого довгого будівництва були помилки малокваліфікованих будівничих костелу, що призвели до обвалу склепінь споруди у 1640 та 1685 р.
У період турецько-татарських нападів ченці переховувалися у Бродах, забираючи зі собою ікону, яка вже на той час прославилася численними чудами. Лише 7 листопада 1676 р. домініканці знову привезли ікону до Підкаменя.
У 1702 році довкола монастиря почали зводити оборонні мури, що частково збереглись до наших днів. Їх будівництво очевидно було стрімким, оскільки на вмурованим над в’їзною брамою камені була висічена дата "1704 рік". Мури були кам’яні, оснащені заокругленими двоярусними вежами. До речі, оборонними — зверху є ряд бійниць. Відомо, що в одній з них перебував в ув‘язненні легендарний козачий полковник Семен Палій.
У 1708 році до костелу прибудували чотирикутну вежу, на якій у 1713 році поставили годинник. Келії будувались впродовж 1612—1685 років, а у 1764 році почали спорудження другого поверху. У 1719 році на подвір'ї поставили колону з фігурою Богородиці, поруч з якою спорудили каплицю-ротонду.
Для допомоги хворим, що потерпали від чисельних епідемії, що лютували у XVIII столітті, монастирем була побудована лікарня. Розташована вона трохи нижче на монастирській горі, з боку головного входу. Збереглася й зараз.
Сам монастир не боявся ніяких епідемій. Тут було настільки сильне господарство, що запасів продовольства вистачало на найбільштривалий карантин. На території монастиря, у скелі, був видовбаний колодязь глибиною майже в 100 метрів. Роботи по його влаштуванню тривали 18 років й були завершені в 1708 році.
На стінах монастиря та церкви збереглися пам’ятні плити фундаторів. Серед них були магнатські роди Вишневецьких, Чарторийських, Любомирських, Собеських, Потоцьких, Калиновських.
Найцінніші пам’ятки комплексу:
Період розквіту Підкамінської обителі припадає на XVIII ст. У 1746 р. при монастирі можна було здобути вищу богословську освіту, а також опанувати різні ремесла. Та найбільшу славу монастирю принесло проголошення ікони Богородиці чудотворною, а гори Рожаниці — святою. В 1725 р. Папа Венедикт XIII прислав для неї із Рима золоті освячені корони. Самі ж урочистості щодо вшанування ікони відбулися в 1727 р. Загальна кількість учасників свята сягала 200 тис. осіб (під час аналогічної коронації в Ченстохові зафіксовано 150 тис. паломників).
Занепад обителі розпочався у 1772 році, коли ці землі перейшли у володіння Австро-Угорщини і розпочались масові закриття монастирів. Саме тоді було вивезено коштовності і зброю, а також забрано значну частину земель. Від остаточного закриття монастир врятувала смерть імператора Йосифа ІІ, проте до колишнього розквіту обитель вже ніколи не поверталася.Під час світових воєн монастир зазнав значних втрат і в 1945 р. був ліквідований. У 1946 р. радянська влада організувала тут концтабір для українського духовенства та в радянський час пересильну тюрму. Це завдало великої шкоди цьому місцю, оскільки в’язні аби не замерзнути спалили майже все оздоблення інтер’єру монастиря.
Згодом у монастирських мурах було засновано психоневрологічний інтернат закритого типу. Храм перетворили на конюшню, а ще пізніше на гараж. В одній каплиці зберігали зерно, в іншій мінеральні добрива, а ще в іншій вигодовували сторожових собак в’язниці.
У 1997 р. сакральні споруди та частину келій передали монахам Студійського уставу УГКЦ. Того самого року розпочалася відбудова святині.
Проте і зараз не обходиться без казусів і втрат. У лютому 2011 року під час падіння риштувань було розбито дві барокові скульптури, а перед тим з храму було демонтовано верхню частину вежі.
Сьогодні монастирський комплекс має назву — Монастир походження дерева Хреста Господнього.