Легендарна назва міста походить від монастиря, який колись тут був і навколо якого утворилося ціле поселення. Сама обитель, за переказами, була зруйнована у XIII ст.; натомість споруджено замок, який згодом перероблено на палац. Ці пам'ятки до наших днів не збереглися. Насправді історичні назви були Підгороднє та Монастирище, а вже за польської влади місто стало Монастириськами. Тому інша легенда оповідає про кохання власника тутешнього замку боярина Собко та його полонянки — половецької князівни Атю, — яка відмовилася йти за нього заміж і втекла на Лису гору, ставши відьмою. З горя Собко постригся у ченці, а замок перетворив у монастир; тоді й поселення дістало сучасну назву.
Перші писемні згадки про поселення сягають 1454 року, хоча припускають, що воно існувало уже у кінці ХІ — на початку ХІІ ст. На околицях містах знайдено могильники ІІ-ІІІ ст. та городоще часів Київської Русі.
У ХV ст. тут селилися польські колоністи. Політика польської влади щодо нових мешканців спричинила у 1490 р. велике повстання під проводом Мухи, яке ледь спинили королівські війська. Загалом містечко виконувало оборонну функцію, захищаючи головні торговельні шляхи регіону. Для захисту околиць споруджено замок, який, однак, неодноразово було знищено набігами татар і турків. Кажуть, від замку через підземелля можна було потрапити у місто.
Ще одною спробою антипольського руху була участь місцевих мешканців у визвольній війні 1648-1657 рр., зокрема у 1655 р. Монастириська таки були звільнені від польської влади.
Слід зазначити, що у міжвоєнний період (після Першої світової війни) відбудована тутешня тютюнова фабрика була однією з найбільших у Речі Посполитій. Попередню фабрику було засновоно ще у 1797 р.
Сьогодні Монастириська найбільш відомі як осередок лемківської культури. Щороку на початку літа тут проводиться етнічний фестиваль "Дзвони Лемківщини" ("Лемківська ватра"), а також з 1996 р. відкрито Музей лемківської культури та побуту.