История церкви Святого Духа неразрывно связана с именем могущественной правительницы Османской империи — Роксоланы. Согласно преданиям именно в этой церкви был священником Лука Лисовский, отец будущей Роксоланы, который позже был похоронен рядом с церковью. Именно здесь сама Роксолана получила свое первое причастие. При церкви действовало одно из первых церковных братств на Украине, на средства которого был создан уникальный ренессансно-барокковый иконостас, датируемый 1650 г. Сегодня он является одним из трех самых старых сохраненных до нашего времени иконостасов Украины.
Экспозиция музея насчитывает 134 экспоната. Тут представлены уникальные произведения иконописи, в частности, одна из самых давних икон, сохраненных в Украине, — "Иоанн Креститель с житием" (1520), а также другие иконы иконостаса кон. XVI ст. Посетители также смогут увидеть старопечатные издания, деревянную скульптуру и изделия из камня церковного назначения.
Сегодня церковь-музей является частью музейного комплекса города Рогатын, который был создан в 2004 году.