Експозиція музею розміщена в будівлі Домініканського монастиря ХІV–XVIII ст.
Cьогодні колишній Музей атеїзму — єдиний в Україні та один з небагатьох у світі, де зібрано матеріали з історії світових і національних релігій. Музей має чотири філії: Червоноградська (1980), Сокальська "Людина. Земля. Всесвіт" (1991), Інститут релігієзнавства (1993), Музей-садиба родини Антоничів (2009). Створюється музей юдаїки.
Експозиція Львівського музею історії релігії складається з кількох тематичних розділів: "Релігія стародавнього світу", "Юдаїзм", "Раннє християнство", "Вірменська церква", "Історія римо-католицької церкви", "Українська греко-католицька церква", "Православ'я в Україні", "Протестантизм", "Іслам", "Буддизм".
У структуру музею входять відділи: виставковий, науково-освітній, рекламний, методичний, науково-реставраційний, художній, біо-бібліографічний, а також фонди, видавництво "Логос", бібліотека, фото- та голографічна лабораторії.
У фондах нараховується понад 50 тисяч одиниць експонатів. Серед них є такі, що мають унікальну культову, мистецьку та історичну цінність. Зокрема, велика збірка ікон XVI-XIX ст., чимала колекція Біблій (зокрема Острозька Біблія 1581 р.), релікварій св. Аронтія ХІ ст. тощо.
Музей проводить щорічну міжнародну наукову конференцію "Історія релігій в Україні", до якої видаються відповідні матеріали. Раз на два роки випускається також науковий альманах, присвячений визначним датам історії церкви.
Відвідувачам Музей пропонує оглядову та тематичні екскурсії, органні концерти та екскурсію-містерію "Ніч у музеї".
Час роботи:
10:00-18:00, понеділок — вихідний.
Вартість вхідних квитків:
Дорослий — 50 грн.
Дитячий — 30 грн.
Вартість екскурсії:
Для дорослих — 100 грн.
Для студентів, дітей — 50 грн.
Підземелля:
Для дорослих — 50 грн.
Для студентів, дітей — 30 грн.